В 1971 году Ара-Алцагатская начальная  школа была преобразована в Баин-Булакскую восьмилетнюю школу. На основании Постановления Кяхтинской районной администрации №167 от 13 мая 1996 года Баин-Булакская восьмилетняя школа была переименована в Муниципальное общеобразовательное учреждение «Баин-Булакская основная общеобразовательная школа».

19 декабря 2011 года Постановлением МО «Кяхтинский район» №439 МОУ «Баин-Булакская основная общеобразовательная школа» было переименовано в Муниципальное бюджетное образовательное учреждение «Баин-Булакская основная общеобразовательная школа». 

Муниципальное бюджетное образовательное учреждение «Баин-Булакская основная общеобразовательная школа» переименовано в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Баин-Булакская основная общеобразовательная школа» на основании Постановления МО «Кяхтинский район» № 158 от 20 апреля 2015 года.